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Enregistrement W4387381461 · doi:10.36346/sarjams.2023.v05i05.005

Text Mining Identifies Key Pattern Analysis and Process in Prostate Cancer

2023· article· en· W4387381461 sur OpenAlexaff
Boluwatife J. Ope, Gabriel S. Akinbami, Oghenetejeri Ukochowera, Eloho Ukochovwera Ologan

Notice bibliographique

RevueSouth Asian Research Journal of Applied Medical Sciences · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBioinformatics and Genomic Networks
Établissements canadiensNOSM UniversityLaurentian University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProstate cancerGeneBiologyBetweenness centralityComputational biologyCancerGeneticsBioinformaticsCancer researchCentrality

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

One of the most typical malignancies in males is prostate cancer, and its global burden is increasing. Using text-mining technology, this study seeks to pinpoint important genes and biochemical processes related to prostate cancer. Using certain terms related to gene expression, PUBMED abstracts of interest were found. The extracted abstracts included gene pairings and functional connections. On the genes identified from the function interactions, biological procedures enrichment, network analysis, and gene prioritizing utilizing edge centrality of betweenness were carried out. For the modules containing at least five genes, which were retrieved from the network analysis, gene clustering and pathway enrichment analyses were built. The biological functions of the newly identified genes showed that they were involved in positive transcriptional regulation from the RNA polymerase II promoter, positive regulation of cell proliferation, and drug responsiveness. The prostate cancer enrichment analysis processes revealed that the NF signalling pathway, PI3k-Art signalling pathway, thyroid hormone signalling, and ErbB signalling pathways were enriched. According to the network analysis results, which were further sorted by their values for degree of between-ness, it was discovered that AKT1, AR, and KDM3A were the important genes. In conclusion, by concentrating on the discovered hub genes, prostate cancer can be medically treated.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0070,006
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,361
Écart entre enseignants0,331 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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