OR01-06 Single Nucleus Multi-omics Analysis Identifies Cellular Trajectories And Dynamic Changes In Gene Expression And Chromatin Accessibility In The Pituitary During The Mouse Estrous Cycle
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Disclosure: F.M. Ruf-Zamojski: None. W. Cheng: None. Z. Zhang: None. M. Zamojski: None. G.R. Smith: None. X. Chen: None. N. Mendelev: None. G. Strupinsky: None. C.A. Alonso: None. L. Ongaro Gambino: None. X. Zhou: None. E. Brule: None. M.S. Amper: None. P. Hanna: None. V.D. Nair: None. C.L. Andoniadou: None. J.L. Turgeon: None. O. Troyanskaya: None. E. Zaslavsky: None. D.J. Bernard: None. S.C. Sealfon: None. Single cell multi-omics datasets provide an unparalleled power to resolve gene regulatory circuits underlying cellular function in complex tissues such as the pituitary gland [1, 2]. To better understand cellular plasticity and dynamics in the mouse pituitary during the estrous cycle in vivo, we performed same-cell single nucleus (sn) multi-omics for gene expression and chromatin accessibility on individual pituitaries collected from mice at 9am on each day of the cycle, as well as at 6pm and 11pm on proestrus and at 2am on estrus to capture surge events. Cycle stage was determined by vaginal cytology and post-mortem measurement of serum LH and FSH levels. In total, 102,069 cells passed rigorous quality control (QC, [2]), with over 5,000 cells analyzed per sample, ∼2,000 genes/cell, ∼15,000 ATAC median high-quality fragments, and Transcription Start Site (TSS) enrichment scores above 9 for all samples. We identified 13 well-separated clusters in the snRNAseq and 10 in the snATACseq datasets representing the pituitary cell types that were followed over time. We integrated the gene expression and chromatin accessibility datasets and analyzed changes in cell type proportions, gene expression, and chromatin accessibility through time. We detected major differential gene expression changes in the gonadotropes and lactotropes, which we further investigated using pseudotime trajectory analyses. Several upstream Fshb loci showed dynamic changes during the estrous cycle. Additionally, we uncovered regulatory components of major pituitary genes over time using linkage data analysis.To our knowledge, this is the first study to present detailed and comprehensive data on gene expression and chromatin structure changes at sn resolution in all pituitary cell types during a dynamic physiological process. Thus, it provides critical new resources to the field of endocrinology. References:[1] Nat Comm, 2020, 12(2677), PMID:33976139.[2] Cell Reports, 2022, 38(10): 110467, PMID:35263594. Presentation: Thursday, June 15, 2023
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».