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Enregistrement W4387440379 · doi:10.1080/10985549.2023.2259739

Persistent Acetylation of Histone H3 Lysine 56 Compromises the Activity of DNA Replication Origins

2023· article· en· W4387440379 sur OpenAlexafffund
Roch Tremblay, Yosra Mehrjoo, Oumaima Ahmed, Antoine Simoneau, Mary McQuaid, El Bachir Affar, Corey Nislow, Guri Giaever, Hugo Würtele

Notice bibliographique

RevueMolecular and Cellular Biology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA Repair Mechanisms
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaUniversité de MontréalHôpital Maisonneuve-Rosemont
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research Chairs
Mots-clésBiologyOrigin recognition complexHistone H3DNA replicationReplication factor CHistoneEukaryotic DNA replicationControl of chromosome duplicationCell biologyDNA replication factor CDT1Pre-replication complexChromatinS phaseSirtuinMolecular biologyAcetylationDNAGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In Saccharomyces cerevisiae, newly synthesized histones H3 are acetylated on lysine 56 (H3 K56ac) by the Rtt109 acetyltransferase prior to their deposition on nascent DNA behind replication forks.Two deacetylases of the sirtuin family, Hst3 and Hst4, remove H3 K56ac from chromatin after S phase.hst3D hst4D cells present constitutive H3 K56ac, which sensitizes cells to replicative stress via unclear mechanisms.A chemogenomic screen revealed that DBF4 heterozygosity sensitizes cells to NAM-induced inhibition of sirtuins.DBF4 and CDC7 encode subunits of the Dbf4-dependent kinase (DDK), which activates origins of DNA replication during S phase.We show that (i) cells harboring the dbf4-1 or cdc7-4 hypomorphic alleles are sensitized to NAM, and that (ii) the sirtuins Sir2, Hst1, Hst3, and Hst4 promote DNA replication in cdc7-4 cells.We further demonstrate that Rif1, an inhibitor of DDKdependent activation of origins, causes DNA damage and replication defects in NAM-treated cells and hst3D hst4D mutants.cdc7-4 hst3D hst4D cells are shown to display delayed initiation of DNA replication, which is not due to intra-S checkpoint activation but requires Rtt109-dependent H3 K56ac.Our results suggest that constitutive H3 K56ac sensitizes cells to replicative stress in part by negatively influencing the activation of origins of DNA replication.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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