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Enregistrement W4387461511 · doi:10.3390/biomedinformatics3040052

Weighted Trajectory Analysis and Application to Clinical Outcome Assessment

2023· article· en· W4387461511 sur OpenAlexaff
Utkarsh Chauhan, Kaiqiong Zhao, John Walker, John R. Mackey

Notice bibliographique

RevueBioMedInformatics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueStatistical Methods and Inference
Établissements canadiensYork UniversityUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésEstimatorStatisticsSample size determinationComputer scienceMedicineMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Kaplan–Meier (KM) estimator is widely used in medical research to estimate the survival function from lifetime data. KM estimation is a powerful tool to evaluate clinical trials due to simple computational requirements, its use of a logrank hypothesis test, and the ability to censor patients. However, KM estimation has several constraints and fails to generalize to ordinal variables of clinical interest, such as toxicity and ECOG performance. We devised weighted trajectory analysis (WTA) to combine the advantages of KM estimation with the ability to visualize and compare treatment groups for ordinal variables and fluctuating outcomes. To assess statistical significance, we developed a new hypothesis test analogous to the logrank test. We demonstrated the functionality of WTA through 1000-fold clinical trial simulations of unique stochastic models of chemotherapy toxicity and schizophrenia disease course. With increments in sample size and hazard ratio, we compared the performance of WTA to KM estimation and the generalized estimating equation (GEE). WTA generally required half the sample size to achieve comparable power to KM estimation; advantages over the GEE included its robust nonparametric approach and summary plot. We also applied WTA to real clinical data: the toxicity outcomes of melanoma patients receiving immunotherapy and the disease progression of patients with metastatic breast cancer receiving ramucirumab. The application of WTA demonstrated that using traditional methods such as KM estimation can lead to both type I and II errors by failing to model illness trajectory. This article outlines a novel method for clinical outcome assessment that extends the advantages of Kaplan–Meier estimates to ordinal outcome variables.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,010
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,044
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,053

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0100,044
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,148
Tête enseignante GPT0,500
Écart entre enseignants0,352 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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