ESOMIR: a curated database of biomarker genes and miRNAs associated with esophageal cancer
Notice bibliographique
Résumé
'Esophageal cancer' (EC) is a highly aggressive and deadly complex disease. It comprises two types, esophageal adenocarcinoma (EAC) and esophageal squamous cell carcinoma (ESCC), with Barrett's esophagus (BE) being the only known precursor. Recent research has revealed that microRNAs (miRNAs) play a crucial role in the development, prognosis and treatment of EC and are involved in various human diseases. Biological databases have become essential for cancer research as they provide information on genes, proteins, pathways and their interactions. These databases collect, store and manage large amounts of molecular data, which can be used to identify patterns, predict outcomes and generate hypotheses. However, no comprehensive database exists for EC and miRNA relationships. To address this gap, we developed a dynamic database named 'ESOMIR (miRNA in esophageal cancer) (https://esomir.dqweilab-sjtu.com)', which includes information about targeted genes and miRNAs associated with EC. The database uses analysis and prediction methods, including experimentally endorsed miRNA(s) information. ESOMIR is a user-friendly interface that allows easy access to EC-associated data by searching for miRNAs, target genes, sequences, chromosomal positions and associated signaling pathways. The search modules are designed to provide specific data access to users based on their requirements. Additionally, the database provides information about network interactions, signaling pathways and region information of chromosomes associated with the 3'untranslated region (3'UTR) or 5'UTR and exon sites. Users can also access energy levels of specific miRNAs with targeted genes. A fuzzy term search is included in each module to enhance the ease of use for researchers. ESOMIR can be a valuable tool for researchers and clinicians to gain insight into EC, including identifying biomarkers and treatments for this aggressive tumor. Database URL https://esomir.dqweilab-sjtu.com.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».