Potential of Mean Force of Short‐Chain Surface Adsorption using Non‐Uniform Sampling Windows for Optimal Computational Efficiency
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Free energy calculation in molecular simulation is an computationally expensive process. Umbrella sampling (US) is a go‐to method for obtaining the potential of mean force (PMF) along a reaction coordinate. Its computational cost increases drastically as the molecular system gets more complex. For many polymeric and biomolecular systems, adequately sampling all configurational degrees of freedom is computationally prohibitive. Using the adsorption of a short‐chain methylcellulose on a cellulose crystalline surface as the test case, this study shows that the sampling time required for reliable results is much higher than typical choices made in the literature. The accuracy of the PMF profile is strongly affected by sampling inadequacy in a few regions along the reaction coordinate. Non‐uniform windows and sampling parameters are proposed to enhance the sampling in difficult regions. Sampling windows that vary with the local PMF steepness are allocated with a new algorithm. Parameters in this algorithm are optimized for the best sampling efficiency. It is demonstrated that significantly less computer time will be required to achieve the same sampling accuracy if computational resources are optimally distributed along the reaction coordinate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».