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Enregistrement W4387641101 · doi:10.1016/j.rpth.2023.102232

Characterization of copy-number variants in a large cohort of patients with von Willebrand disease reveals a relationship between disrupted regions and disease type

2023· article· en· W4387641101 sur OpenAlexfundno aff
Brooke Sadler, Pamela A. Christopherson, Crystal L. Perry, Daniel B. Bellissimo, Sandra L. Haberichter, Gabe Haller, Lilian Antunes, Veronica H. Flood, Jorge Di Paola, Robert R. Montgomery

Notice bibliographique

RevueResearch and Practice in Thrombosis and Haemostasis · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePlatelet Disorders and Treatments
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteRoyal College of Surgeons in IrelandUniversity of IowaUniversity of ColoradoQueen's UniversityUniversity of PittsburghTulane UniversityNational Institutes of HealthInstitut Ruđer BoškovićWayne State University
Mots-clésCopy-number variationVon Willebrand diseaseGeneticsComparative genomic hybridizationBiologyVon Willebrand factorGeneMedicineGenomeImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: ) gene; however, this technique cannot always detect copy-number variants (CNVs). Additional mapping of CNVs in patients with VWD is needed. Objectives: This study aimed to characterize CNVs in a large sample of VWF mutation-negative VWD patients. Methods: pseudogene. This was performed on 204 mutation-negative subjects for whom clinical variables were also available. Results: Among the 204 patients, 7 unique CNVs were found, with a total of 24 CNVs (12%). Of the 7 unique CNVs, 1 was novel, 1 was found in a VWF database, and 5 were previously reported. All patients with type 1C VWD and a CNV had the same exon 33 and 34 in-frame deletion. Certain clinical variables were also significantly different between those with and without CNVs. Conclusion: The in-frame deletion in patients with type 1C VWD exactly matches the D4N module of the D4 domain, a region where mutations and deletions are known to affect clearance. We observed significantly higher VWF-to-ristocetin cofactor levels in patients with type 1C VWD and a CNV than in patients without a CNV, suggesting a relationship between CNVs and the increased clearance observed in patients with type 1C VWD. Glycoprotein IbM activity was significantly lower in patients with type 1 VWD and a CNV than in patients without a CNV, suggesting that platelet binding is more affected by CNVs than single base pair mutations. This work elucidates some of the underlying genetic mechanisms of CNVs in these patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,107
Tête enseignante GPT0,411
Écart entre enseignants0,304 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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