Novel virulent and temperate cyanophages predicted to infect <i>Microcoleus</i> associated with anatoxin‐producing benthic mats
Notice bibliographique
Résumé
Cyanophages are crucial for regulating cyanobacterial populations, but their influence on anatoxin-producing Microcoleus mat dynamics remains unexplored. Here, we use metagenomics to explore phage presence in benthic mats from the Wolastoq|Saint John River (New Brunswick, Canada) and the Eel River (California, USA). We recovered multiple viral-like sequences associated with different putative bacterial hosts, including two cyanophage genomes with apparently different replication strategies. A temperate cyanophage was found integrated in the genomes of Microcoleus sp. 3 recovered from the Eel River and is phylogenetically related to Phormidium phages. We also recovered novel virulent cyanophage genomes from Wolastoq and Eel River mats that were dominated by anatoxin-producing Microcoleus species predicted to be the host. Despite the geographical distance, these genomes have similar sizes (circa 239 kbp) and share numerous orthologous genes with high sequence identity. A considerable reduction of the anatoxin-producing Microcoleus species in Wolastoq mats following the emergence of the virulent phage suggests that phage infections have an important role in limiting the abundance of this toxigenic cyanobacterium and releasing anatoxins into the surrounding water. Our results constitute the first report of cyanophages predicted to infect mat-forming Microcoleus species associated with anatoxin production.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».