Genomic evidence of long-term asexuality at the northern range limit of the wetland plant, Decodon verticillatus (Lythraceae)
Notice bibliographique
Résumé
For many plants, asexual, clonal reproduction appears to be the predominant form of reproduction at their geographic range edge, but how long clonal populations persist and their role in range dynamics are largely unknown. If asexuality enables well-adapted genotypes to persist, this may allow species to expand beyond their sexual niche. Under this scenario, genomic signatures of long-term asexuality should be detectable in range-edge populations. We investigated this hypothesis in the wetland plant, Decodon verticillatus (Lythraceae), which reproduces predominantly through clonal reproduction at its northern range limit. We assembled the transcriptome de novo, identified single nucleotide polymorphisms (SNPs), and compared patterns of genetic variation in sexual and asexual populations at and approaching the range limit. Asexual genotypes exhibited several signatures of long-term asexuality including higher heterozygosity, fewer unique homozygous SNPs (doubletons), and a breakdown of isolation by distance. They also tended to include more deleterious non-synonymous and radical amino acid altering mutations. However, the frequency of unique heterozygous SNPs (singletons) did not differ between sexual and asexual genotypes, and average genetic differentiation was unexpectedly higher among sexual than among asexual genotypes. Yet, overall, our results are consistent with the hypothesis that asexual reproduction enabled D. verticillatus to expand its range further north than would have been possible under sexual reproduction alone. Understanding the factors that influence range dynamics is becoming increasingly important to better anticipate the capacity of species to adapt and shift their ranges in response to anthropogenic environmental changes and to prioritize range-edge populations for conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».