Frequency of isolation and phenotypic antimicrobial resistance of fecal Salmonella enterica recovered from dairy cattle in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Salmonellosis is one of the leading causes of gastrointestinal infections in humans. In Canada, it is estimated that approximately 87,500 cases of salmonellosis occur every year in humans, resulting in 17 deaths. In the United States, it is estimated that 26,500 hospitalizations and 420 deaths occur every year. In dairy cattle, infections caused by nontyphoidal Salmonella enterica can cause mild to severe disease, including enteritis, pneumonia, and septicemia. Our study objectives were to determine the proportion of fecal samples positive for Salmonella in dairy cattle in Canada and determine the resistance pattern of these isolates. We used data collected through the Canadian Dairy Network for Antimicrobial Stewardship and Resistance (CaDNetASR). Pooled fecal samples from preweaning calves, postweaning heifers, lactating cows, and manure storage were cultured for Salmonella, and the isolates were identified using matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry. Antimicrobial susceptibilities were determined using the minimum inhibitory concentration test, and resistance interpretation was made according to the Clinical and Laboratory Standards Institute. A 2-level, multivariable logistic regression model was built to determine the probability of recovering Salmonella from a sample, accounting for province, year, and sample source. The proportion of farms with at least one positive sample were 12% (17/140), 19% (28/144), and 17% (24/144) for the sampling years 2019, 2020, and 2021, respectively. Out of the 113 Salmonella isolates, 23 different serovars were identified. The occurrence of Salmonella appeared to be clustered by farms and provinces. The most common serovars identified were Infantis (14%) and Typhimurium (14%). Overall, 21% (24/113) of the Salmonella isolates were resistant to at least one antimicrobial. Resistance to tetracycline was commonly observed (17%); however, very limited resistance to category I antimicrobials (categorization according to Health Canada that includes third-generation cephalosporins, fluoroquinolones, polymyxins, and carbapenems) was observed, with one isolate resistant to amoxicillin and clavulanic acid. The proportion of Salmonella isolates resistant to 2 and 3 antimicrobial classes was 3.5% and 8.8%, respectively. Our study provided valuable information on the proportion of fecal samples positive for Salmonella, the serovars identified, and the associated resistance patterns across CaDNetASR herds, at regional and national levels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».