Transcriptomic analyses of juvenile Striped Bass (Morone saxatilis) exposed to chronic and acute temperature change
Notice bibliographique
Résumé
Striped Bass are economically important, migratory fishes, which occur across a wide range of latitudes. Given their wide-ranging nature, Striped Bass can cope with a broad range of environmental temperatures, yet the mechanisms underlying this ability have not been thoroughly described. Heat shock proteins (HSPs) are inducible molecular chaperones, which help mitigate protein damage resulting from increased temperatures. The importance of HSPs has been demonstrated in a number of fish species, but their role in Striped Bass is poorly understood. This study characterizes changes in gene expression in juvenile Striped Bass, following acute and chronic temperature change. Fish were acclimated to one of three temperatures (15, 25 or 30°C) and sampled at one of two treatments (control or after CTmax), following which we assessed differential gene expression and gene ontology in muscle. It is clear from our differential expression analyses that acclimation to warm temperatures elicits more robust changes to gene expression, compared to acute temperature increases. Our differential expression analyses also revealed induction of many different heat shock proteins, including hsp70, hsp90, hsp40 and other small HSPs, after both acute and chronic temperature increase in white muscle. Furthermore, the most consistent gene ontology pattern that emerged following both acclimation and CTmax was upregulation of transcripts involved in "protein folding", which also include heat shock proteins. Gene ontology analyses also suggest changes to other processes after acclimation, including decreased growth pathways and changes to DNA methylation. Overall, these data suggest that HSPs likely play a major role in the Striped Bass's ability to tolerate warm waters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».