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Enregistrement W4387848464 · doi:10.1101/2023.10.20.563248

Synthesis of pyrazole-based macrocycles leads to a highly selective inhibitor for MST3

2023· preprint· en· W4387848464 sur OpenAlexfundno aff
Jennifer Alisa Amrhein, Lena M. Berger, Dimitrios-Ilias Balourdas, Andreas C. Joerger, Amelie Menge, Andreas Krämer, Julia Marie Frischkorn, Benedict‐Tilman Berger, Lewis Elson, Astrid Kaiser, Manfred Schubert‐Zsilavecz, Susanne Müller, Stefan Knapp, Thomas Hanke

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrotubule and mitosis dynamics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesDeutsche ForschungsgemeinschaftOntario Genomics InstituteEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsMerck KGaAOntario GenomicsGenome CanadaFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloMcGill UniversityGenentechBayerPfizer
Mots-clésCell biologyKinaseProtein kinase APyrazoleCell growthKinomeBiologyBiochemistryChemistryStereochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract MST1, MST2, MST3, MST4, and YSK1 are conserved members of the mammalian sterile 20 kinase (MST) family. MSTs regulate key cellular functions such as cell proliferation, cell migration, metabolic regulation, and cell polarity. The MST3 isozyme plays a role in regulation of cell growth, autophagy and apoptosis, and its dysregulation has been linked to the occurrence of high-grade tumors with poor survival prognosis. To date, there are no isoform-selective inhibitors available that could be used for validating the role of MST3 in tumorigenesis and to assess its potential as an anti-cancer target for drug development. To this end, we have designed a new series of 3-aminopyrazole-based macrocycles based on the structure of an acyclic promiscuous kinase inhibitor. By varying moieties targeting the solvent-exposed region and optimizing the linker, macrocycle JA310 ( 21c ) was synthesized. JA310 exhibited high cellular potency for MST3 with an EC 50 = 106 nM and excellent kinome-wide selectivity with significantly lower cellular activity on the closely related kinase MST4 (EC 50 = 1.4 µM). The high-resolution crystal structure of the MST3-JA310 complex provided intriguing insights into the distinct binding mode of the macrocycle, which was associated with large-scale structural rearrangements, including concerted induced-fit movements of the glycine-rich loop, the αC helix, and the activation loop. In summary, the developed macrocyclic MST3 inhibitor, JA310, demonstrates the utility of macrocyclization for the design of highly selective inhibitors and presents a first chemical probe for MST3.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,229
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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