Contaminants from dredged sediments alter the transcriptome of Manila clam and induce shifts in microbiota composition
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The reuse of dredged sediments in ports and lagoons is a big issue as it should not affect the quality and the equilibrium of ecosystems. In the lagoon of Venice, sediment management is of crucial importance as sediments are often utilized to built-up structures necessary to limit erosion. However, the impact of sediment reuse on organisms inhabiting this delicate area is poorly known. The Manila clam is a filter-feeding species of high economic and ecological value for the Venice lagoon experiencing a drastic decline in the last decades. In order to define the molecular mechanisms behind sediment toxicity, we exposed clams to sediments sampled from different sites within one of the Venice lagoon navigable canals close to the industrial area. Moreover, we investigated the impacts of dredged sediments on clam's microbial communities. RESULTS: Concentrations of the trace elements and organic chemicals showed increasing concentrations from the city of Venice to sites close to the industrial area of Porto Marghera, where PCDD/Fs and PCBs concentrations were up to 120 times higher than the southern lagoon. While bioaccumulation of organic contaminants of industrial origin reflected sediments' chemical concentrations, metal bioaccumulation was not consistent with metal concentrations measured in sediments probably due to the activation of ABC transporters. At the transcriptional level, we found a persistent activation of the mTORC1 signalling pathway, which is central in the coordination of cellular responses to chemical stress. Microbiota characterization showed the over-representation of potential opportunistic pathogens following exposure to the most contaminated sediments, leading to host immune response activation. Despite the limited acquisition of new microbial species from sediments, the latter play an important role in shaping Manila clam microbial communities. CONCLUSIONS: Sediment management in the Venice lagoon will increase in the next years to maintain and create new canals as well as to allow the operation of the new mobile gates at the three Venice lagoon inlets. Our data reveal important transcriptional and microbial changes of Manila clams after exposure to sediments, therefore reuse of dredged sediments represents a potential risk for the conservation of this species and possibly for other organisms inhabiting the Venice lagoon.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».