Genetic Diversity, Mycotoxin Profiles, and Population Structure of <i>Fusarium</i> spp<i>.</i> Associated with Fusarium Head Blight in Georgia, United States
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium head blight (FHB) has become a limiting factor in soft red winter wheat production in the southeast United States. Recent epidemics have occurred in Georgia, but genetic information on the Fusarium species responsible for FHB is unknown. This study aimed to assess pathogen population structure and genetic diversity, trichothecene profiles, and representative pathogenicity of 196 Fusarium isolates collected from 44 wheat (n = 85) and 53 corn (n = 111) fields in Georgia. Phylogenetic analysis using the translation elongation factor 1-alpha (635 bp) and RNA polymerase second largest subunit (930 bp) sequence data resolved isolates into 185 haplotypes, which represented 12 Fusarium species grouped under five species complexes. F. graminearum with 15-acetyl-deoxynivalenol (15ADON) chemotype (75.6%) and F. incarnatum (57.7%) predominated in wheat and corn, respectively, with a surprisingly higher frequency of nivalenol (NIV) F. graminearum (21.8%). Using nine variable numbers of tandem repeat markers, 82 multilocus genotypes out of 86 F. graminearum isolates were identified and grouped into two genetic clusters, pop1fg (n = 29) and pop2fg (n = 32), as part of the North American populations (NA1 and NA2) but with no chemotype differentiation. F. graminearum populations in Georgia are mostly clonal and might have evolved through at least two introductions from the northeast United States and Canada and local adaptation to maintain high genetic diversity. Pathogenicity of F. graminearum isolates from wheat and corn had high FHB severity (>60%) in wheat, which depicted the risk they can pose towards future FHB outbreaks. Overall, this baseline study provided important information on Fusarium species diversity including F. graminearum associated with FHB in Georgia that will be useful to formulate integrated disease management incorporating improved host resistance and fungicide spray programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».