Tracking the fecal mycobiome through the lifespan of production pigs and a comparison to the feral pig
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Fungi in the pig gastrointestinal tract (the mycobiome) are believed to be important for host health and development. However, studies profiling the mycobiome over a production cycle and of the feral pig are lacking. The objectives of this study were to profile the pig mycobiome over one production cycle and profile the mycobiome of feral pigs. A total of 24 pigs from 12 litters ( n = 2 per litter) had fecal swabs taken at 11 days of age (D11), the day before weaning (W − 1), 7 days post-weaning (W + 7), and 119 days post-weaning (W + 119) in a research facility. Their dams ( n = 12) and an additional eight sows from a commercial barn had fecal swabs taken 3 days after farrowing. A total of 20 feral pigs had intestinal contents collected from the ileum and cecum for a total of 24 samples. Samples were analyzed via amplicon sequencing of the internal transcribed spacer 2 rRNA gene. Piglets tended to cluster based on their mother’s Kazachstania slooffiae levels on D11 ( P = 0.087) and significantly clustered on W + 119 ( P = 0.046). Piglets clustered with their littermate on D11 ( P = 0.006) and on W + 119 ( P = 0.007). In summary, we found that pigs maintain the same K. slooffiae status as their mothers until the end of the production cycle and show that the feral pig has a complex and unique mycobiome largely represented by ingested fungal species. IMPORTANCE This work provides evidence that early-life fungal community composition, or host genetics, influences long-term mycobiome composition. In addition, this work provides the first comparison of the feral pig mycobiome to the mycobiome of intensively raised pigs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».