The analysis of <i>Puccinia triticina</i> field populations in Canada between 2018 and 2020 using restriction site‐associated <scp>DNA</scp> genotyping‐by‐sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Puccinia triticina , the causal agent of wheat leaf rust, is a dynamic pathogen causing significant yield losses worldwide. In this study, we analysed the virulence and genetic structure of 98 P . triticina isolates collected in Canada between 2018 and 2020. Isolates from Manitoba and Saskatchewan were found to be highly related for virulence, as were isolates from Quebec and Ontario. Isolates from Alberta had a virulence profile more similar to those from Manitoba and Saskatchewan than to Ontario and Quebec. To study the genetic structure of P . triticina populations, we used the restriction site‐associated DNA (RAD) genotyping‐by‐sequencing method to identify single‐nucleotide polymorphisms (SNPs). The Puccinia DNA sequences were aligned against the reference genome of P . triticina race BBBD and 1898 SNPs were identified. The phylogenetic analysis using SNP markers grouped these P . triticina into three genetic clades. The separation of P . triticina into three genetic clades was also supported by principal component analysis. Isolates from Clade 1 and Clade 2 were found throughout Canada, whereas Clade 3 isolates were only found in Ontario and Quebec. There were differences in virulence profiles among P . triticina isolates from the three genetic clades and a general correlation between virulence phenotypes and SNP genotypes was observed. These results indicate that the SNPs derived from RAD genotyping‐by‐sequencing could be useful in tracking the genetic and virulence dynamics of this pathogen in Canadian wheat.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».