Identification of OPTN p.(Asn51Thr): A novel pathogenic variant in primary open-angle glaucoma
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
PurposePathogenic variants in TBK1, MYOC, and OPTN are associated with primary open-angle glaucoma (POAG) with severe visual field defects. This study aims to understand further POAG-related pathogenic variant(s) based on a cohort of East Asian populations that have not been well-characterized.MethodsWe conducted a comprehensive screening of TBK1, MYOC, and OPTN variants in 174 POAG Japanese patients, followed by 8380 population-specific genome sequencing data references, segregation analysis, and functional protein assays to determine pathogenic variants.ResultsDespite the small sample size, 4 variants were novel, 2 of which p.(Cys5Trp) and p.(Thr293Met) were in the MYOC gene, and 2 p.(Asn51Thr), and p.(Gln142His) were in the OPTN. Notably, the OPTN p.(Asn51Thr) missense variant adjacent to the p.(Glu50Lys) variant, a well-known POAG pathogenic variant, was segregated from all proband’s family members with POAG. Moreover, in silico and in vitro analyses revealed that the OPTN p.(Asn51Thr) protein increased binding instability, interactions of the OPTN-TBK1 complex, and enhanced protein insolubility, likewise the p.(Glu50Lys) protein.ConclusionOur findings may provide further genetic insights into rare variants of POAG and support the clear conclusion that OPTN p.(Asn51Thr) is a novel likely pathogenic variant.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle