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Enregistrement W4388204539 · doi:10.1094/phytofr-09-23-0123-ta

Characterization of a Foxtail Mosaic Virus Vector for Rust Fungus Avirulence Gene Expression in Wheat

2023· article· en· W4388204539 sur OpenAlexafffundabout
Lu Liu, Ana Priscilla Montenegro Alonso, Guus Bakkeren

Notice bibliographique

RevuePhytoFrontiers™ · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Virus Research Studies
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesDigital Technology SuperclusterAgriculture and Agri-Food CanadaAgricultural Research ServiceCommonwealth Scientific and Industrial Research OrganisationIowa State UniversityU.S. Department of Agriculture
Mots-clésFoxtailBiologyVector (molecular biology)FungusGeneRust (programming language)GeneticsBotanyComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The wheat fungal pathogens Puccinia graminis f. sp. tritici ( Pgt), P. striiformis f. sp. tritici, and P. triticina, causing stem, stripe, and leaf rust, respectively, pose a threat to global wheat production. Genetic resistance in the form of resistance ( R) genes provides the best protection, but rust fungal populations change frequently by mutating avirulence (AVR) effectors matching specific R genes, thereby defeating resistance. Hence, characterization of AVR effectors is needed to understand the evolution of pathogen populations, provide insights for extending the effectiveness of R genes, and yield tools for the identification and isolation of R genes. Functional characterization of Avr genes in rust fungi is challenging in these biotrophic pathogens that lack a reliable and efficient transformation system. Studies indicate that the recently engineered foxtail mosaic virus (FoMV) shows promise as an expression system in cereals. In this study, we utilized two confirmed AVR effectors from Pgt, AVRSr35 and AVRSr50, to assess the applicability of FoMV for investigating rust fungus Avr genes. We showed that vector FoMV PV101 carrying PgtAvrSr35 induced a hypersensitive response (HR) in wheat having the corresponding Sr35 resistance gene. However, when carrying PgtAvrSr50, no HR or even mild viral symptoms were seen in a wheat line having Sr50, as this particular wheat line was not susceptible to FoMV. Several wheat cultivars did not support FoMV replication. The results here show that FoMV PV101 is effective as an expression vector for studying rust fungi AVR effectors, but its applicability relies on the susceptibility of wheat cultivars to FoMV. [Formula: see text] Copyright © 2024 His Majesty the King in Right of Canada, as represented by the Minister of Agriculture and Agri-Food Canada. This is an open access article distributed under the CC BY-NC-ND 4.0 International license .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,193
Score d'incertitude au seuil0,207

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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