Metagenomic Analysis Reveals the Transfer of Antibiotic Resistance from Manure-Fertilized Soil to Carrot Microbiome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Crops grown in manure-fertilized soil are more likely to be contaminated with antibiotic resistance genes (ARGs) than when grown in unmanured soil, and therefore more likely to represent a route of ARG exposure to consumers. Existing studies scarcely focused on the residual ARGs on the carrot peel growing in the manured soil after the careful washing. In the present study, residual microbiome and resistome on the carrots surface ( Daucus carota subsp. sativus ) at harvest after careful washing was investigated to reveal the impact of manure fertilization. Residual surface bacteria were recovered from the peel, and total bacterial DNA was extracted for the high-throughput sequencing-based metagenomic analysis. Despite the overall unaltered level of alpha diversity in both soil and carrot peel samples, manuring increased the resistome in soil significantly, but not on the carrot peel. The largely overlapped resistome detected on carrots grown with and without manuring, plus the pattern revealed by source tracking analysis indicated a soil-source of ARGs on carrots, whereas the beta-lactamases CTX-M-84 , OXY-4 , and CTX-M-122 only detected in the manured soil and on the carrot peel harvested from manured soil indicated that beta-lactamases appear to be transferred from manure to the carrot. The evident impact of soil resistome and community on carrot peel microbiome, plus the limited level of plasmid and integron mediated ARGs transfer suggested the main ARGs transfer pathway from manured soil to carrot peel was via the colonization of rhizosphere soil microbes. To further elucidate the ARG propagation within the soil-carrot system, a network was constructed to explore the pattern of nine types of concurrent ARGs genotypes carried by ten different host populations, emphasizing that the residual antibiotic resistance’s transfer via raw carrot represents a risk to human health even after extensive washing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».