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Enregistrement W4388287373 · doi:10.1136/jmg-2023-109345

Non-coding CGG repeat expansion in <i>LOC642361/NUTM2B-AS1</i> is associated with a phenotype of oculopharyngodistal myopathy

2023· article· en· W4388287373 sur OpenAlexaboutno aff
Xinyu Gu, Jiaxi Yu, Kexin Jiao, Jianwen Deng, Xingyu Xia, Kai Qiao, Dongyue Yue, Mingshi Gao, Chongbo Zhao, Jihong Dong, Gongchun Huang, Jingli Shan, Chuanzhu Yan, Di Li, Yuwei Da, Wenhua Zhu, Jianying Xi, Zhaoxia Wang

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueGenetic Neurodegenerative Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesBeijing Nova ProgramNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésTrinucleotide repeat expansionPhenotypeMyopathyBiologyPathologyCoding regionGeneticsGeneMedicineAllele

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Oculopharyngodistal myopathy (OPDM) is a rare adult-onset neuromuscular disease, associated with CGG repeat expansions in the 5′ untranslated region of LRP12 , GIPC1 , NOTCH2NLC and RILPL1 . However, the genetic cause of a proportion of pathoclinically confirmed cases remains unknown. Methods A total of 26 OPDM patients with unknown genetic cause(s) from 4 tertiary referral hospitals were included in this study. Clinical data and laboratory findings were collected. Muscle samples were observed by histological and immunofluorescent staining. Long-read sequencing was initially conducted in six patients with OPDM. Repeat-primed PCR was used to screen the CGG repeat expansions in LOC642361/NUTM2B-AS1 in all 26 patients. Results We identified CGG repeat expansion in the non-coding transcripts of LOC642361/NUTM2B-AS1 in another two unrelated Chinese cases with typical pathoclinical features of OPDM. The repeat expansion was more than 70 times in the patients but less than 40 times in the normal controls. Both patients showed no leucoencephalopathy but one showed mild cognitive impairment detected by Montreal Cognitive Assessment. Rimmed vacuoles and p62-positive intranuclear inclusions (INIs) were identified in muscle pathology, and colocalisation of CGG RNA foci with p62 was also found in the INIs of patient-derived fibroblasts. Conclusions We identified another two unrelated cases with CGG repeat expansion in the long non-coding RNA of the LOC642361/NUTM2B-AS1 gene, presenting with a phenotype of OPDM. Our cases broadened the recognised phenotypic spectrum and pathogenesis in the disease associated with CGG repeat expansion in LOC642361/NUTM2B-AS1 .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,035
Score d'incertitude au seuil0,714

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,288
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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