Genomic epidemiology of the main SARS‐CoV‐2 variants in Italy between summer 2020 and winter 2021
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Since the beginning of the pandemic, SARS‐CoV‐2 has shown a great genomic variability, resulting in the continuous emergence of new variants that has made their global monitoring and study a priority. This work aimed to study the genomic heterogeneity, the temporal origin, the rate of viral evolution and the population dynamics of the main circulating variants (20E.EU1, Alpha and Delta) in Italy, in August 2020–January 2022 period. For phylogenetic analyses, three datasets were set up, each for a different main lineage/variant circulating in Italy in that time including other Italian and International sequences of the same lineage/variant, available in GISAID sampled in the same times. The international dataset showed 26 (23% Italians, 23% singleton, 54% mixed), 40 (60% mixed, 37.5% Italians, 1 singleton) and 42 (85.7% mixed, 9.5% singleton, 4.8% Italians) clusters with at least one Italian sequence, in 20E.EU1 clade, Alpha and Delta variants, respectively. The estimation of tMRCAs in the Italian clusters (including >70% of genomes from Italy) showed that in all the lineage/variant, the earliest clusters were the largest in size and the most persistent in time and frequently mixed. Isolates from the major Italian Islands tended to segregate in clusters more frequently than those from other part of Italy. The study of infection dynamics showed a positive correlation between the trend in the effective number of infections estimated by BSP model and the Re curves estimated by birth‐death skyline plot. The present work highlighted different evolutionary dynamics of studied lineages with high concordance between epidemiological parameters estimation and phylodynamic trends suggesting that the mechanism of replacement of the SARS‐CoV‐2 variants must be related to a complex of factors involving the transmissibility, as well as the implementation of control measures, and the level of cross‐immunization within the population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».