Establishing reliable DNA barcoding primers for jumping plant lice (Psylloidea, Hemiptera)
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: DNA Barcoding has proven to be a reliable method for rapid insect identification. The success of this method is based on the amplification of a specific region, the 'Folmer' barcode region at the 5´ start of the cytochrome c oxidase 1 gene (cox1), with universal primers. Previous studies showed failures of standard "universal" primers to amplify this region in psyllids. The aim of the study was the design of a new alternative more reliable primer combination for taxa of the superfamily Psylloidea and its comparison with the performance of the standard "universal" Folmer-primers. RESULTS: A newly designed degenerate forward primer LCOP-F was developed following comparison of the sequence alignment of the priming site of "universal" primer LCO1490 and the standard insect forward primer LepF1. When combined with the "universal" reverse primer, HCO2198, this new primer pairing was able to generate barcode sequence for all 36 species in 20 genera across the five families of psyllids tested in this study, and these primers were found to be more universally reliable across psyllid taxa than other primer pairs tested.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».