Ubiquitinated protein levels remain high during ageing in <i>C. elegans</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT A wealth of literature in different model organisms have shown that proteostasis declines with age, which results in the accumulation of aggregated proteins that generally carry polyubiquitin chains. In Koyuncu et al. (Nature, 2021), the authors use a relatively mild homogenization approach to analyze total polyubiquitinated protein levels longitudinally in C. elegans and found that the overall level of polyubiquitinated proteins decreases in wild-type nematodes. Specifically, the substantial presence of polyubiquitinated proteins in early adulthood markedly decreases at day 10 and 15 of adulthood. This finding represents the central basis of their study where they subsequently suggest that age-dependent decrease in protein polyubiquitination in wild-type animals is due to enhanced deubiquitination. Here, we find that the mild homogenization of C. elegans used in Koyuncu et al . fails to properly extract all C. elegans proteins, because it largely omits relatively insoluble proteins in the pellet. When we perform complete homogenization of wild-type nematode proteins using SDS, sonication and heat, we unequivocally observe that polyubiquitinated protein levels do not decrease with age in C. elegans . Overall, the levels of polyubiquitinated proteins remains relatively constant post-reproduction. Therefore, our findings invalidate the main conclusion of Koyuncu et al. that the ubiquitinated proteome is rewired during ageing and demonstrate that C. elegans harbor polyubiquitinated proteins throughout their lifespan.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».