380 The Sow Milk Microbiome and Resistome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In addition to oligosaccharides, proteins (e.g., immunoglobulins), lipids, vitamins, and other nutrients vital for piglet health, sow’s milk contains bacteria believed to be important in gut health. Therefore, certain sow milk isolates with potentially beneficial properties may be of interest for use as probiotic strains. Furthermore, given the relatively large reservoir of antimicrobial-resistant bacteria carried by commercial pigs even in the absence of direct antimicrobial exposure, it is possible that sow’s milk may also transfer antimicrobial-resistant bacteria to their piglets. The objective of this study was to characterize the bacterial microbiome of sow’s milk using both culturing and shotgun metagenomics. To do this, colostrum (within 24 h of farrowing) and milk samples (n = 42) were collected from 14 sows at d 0, 7, and 21 during the suckling phase. We recovered 323 isolates on four different culture media, and 135 of these were chosen for whole-genome sequencing based on their 16S rRNA gene sequence identity to maximize isolate diversity. The majority (n = 90) of the sequenced isolates belonged to either the Staphylococcus or Streptococcus genera. Twelve isolates (Lactiplantibacillus plantarum, Lactobacillus amylovorus, Ligilactobacillus salivarius, Limosilactobacillus reuteri, and Weissella paramesenteroides) were members of lactic acid-producing bacterial species noted for their beneficial properties in mammals. Several potentially pathogenic bacterial species were also isolated including Clostridium perfringens, Escherichia coli, Klebsiella pneumonia, Streptococcus dysgalactiae, Staphylococcus hyicus, and Streptococcus suis. In addition, seven isolates could not be assigned to a specific species (< 95% average nucleotide identity) and thus may represent potentially novel bacterial species. We also mapped the shotgun metagenomic reads back to the sequenced isolate genomes and found Rothia spp. and L. amylovorus to be relatively most abundant ( > 0.25%). Nearly all of the isolates (n = 130) carried at least one antimicrobial resistance gene and many strains, including S. suis and S. dysgalactiae isolates, encoded genes conferring resistance to more than three antimicrobial classes. The tetracycline resistance genes tet(W), tet(Q), tet(W/N/W), tet(K), and tet(O) were the relatively most abundant antimicrobial resistance genes in the colostrum and milk metagenomes. These results show that sow’s milk may be a source of both beneficial and potentially pathogenic bacteria as well as a significant source of antimicrobial-resistant bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».