121 Quantifying Genetic Relationships to Maintain Genetic Diversity in the Canadian Dairy Population
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Intensive selection pressure coupled with the use of a limited number of high genetic merit sires has resulted in reduced effective population size and increased levels of inbreeding in dairy cattle populations. The increased rate of inbreeding amplifies the frequency of recessive deleterious alleles, possibly leading to inbreeding depression in economically important traits, such as disease resistance, fertility and production. To better understand the relationship of available and active breeding sires to Canadian herds, quantifying genetic relationships between these groups could prove insightful. The genetic relationship value (R-value) represents the average number of alleles identical by descent shared between an animal and a reference population and is currently estimated based on pedigree information. Furthermore, the average R-value indicates the relationship of a sire to the rest of the population. Estimating the R-value between sires and individual herds may offer a more refined tool for producers to select sires that are less related to their specific herds. The aim of this study was to quantify and characterize R-values between individual sires and individual herds within the Canadian Holstein population. To quantify R-values, a dataset comprised of 11,914 sires born between 1953 and 2020 and 584,740 active cows born between 1997 and 2022 from 5,592 herds was considered. Active cows were defined as those currently alive, on milk recording, and actively contributing to the national milk inventory. Active sires were considered those used to breed the active cows. All data were provided by Lactanet Canada and analyses were carried out on PEDIG using the par2 program for relationship estimation. Results indicate that herd-level R-values (i.e., R-values estimated using individual sires and individual herds) showed variation. The R-value of individual sires to individual herds containing active cows ranged from 0.43% to 32.38. This result indicates that outbred sires are available to individual farmers when the population is considered at the herd level, and that the development of herd-level R-values may provide a selection tool which promotes the use of less related sires. Next steps include developing and estimating genomic R-values and comparing them with the pedigree-based R-values for the genotyped Canadian Holstein population. By better understanding of the relationship of available breeding sires to individual Canadian herds, a simple tool for producers to identify sires which are less related to their herds can be developed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».