PSVI-7 Snorna Dysregulated Expression and Potential Roles in Bovine Sub-Clinical Mastitis Due to <i>Staphylococcus Chromogenes</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Staphylococcus chromogenes (SC), a frequent non-aureus staphylococcus on Canadian herds causes both clinical and subclinical forms of mastitis and contributes to large economic losses on Canadian farms. However, little research attention has been directed to uncovering the molecular mechanisms underlying SC mastitis pathogenesis, including the roles of small nucleolar RNAs (snoRNAs). SnoRNAs function to regulate host ribosomal RNAs (rRNAs) biogenesis and processing, and are known to have regulatory functions in several human diseases, but no study has examined their regulatory functions in bovine mastitis. To understand the regulatory roles of snoRNAs in cows with SC subclinical mastitis, the snoRNA transcriptome of milk somatic cells from three SC infected cows [positive for SC only, have high somatic cell counts (SCC ≥350,000 cells/mL) for ≥ 3 months consecutively, only one positive udder sampled], and four healthy cows [low SCC (< 100,000 cells/mL) for ≥3 months consecutively, compositive sample of all quarters] was characterized by sequencing and bioinformatics analysis. Among 232 known snoRNAs found in the samples, 33 were differentially expressed (DE; 14 downregulated and 19 upregulated; FDR < 0.05). Out of these, SnoRA3/snoRA45 (upregulated) belongs to H/ACA snoRNA box type while SNORD14 (downregulated) belongs to C/D box snoRNA box type. According to RNAsnoop analysis, SnoRA3/snoRA45 interacted with 18S-1667 rRNA [minimum free energy (MFE) = -36Kcal/Mol] while SNORD14 interacted with 28S-3926 rRNA (MFE = -15.40Kcal/Mol). The observed strong MFE suggests that SnoRA3/snoRA45 and SNORD14 might potentially participate in rRNA modifications which could affect important functional sites of the ribosome with implications on the pathogenesis of bovine SC mastitis. SnoRA3/snoRA45 have been reported to guide site specific pseudouridylation of rRNA by upregulating the ribosomal pathway as well as have important roles in cell cycle progression in human. SNORD14 is expressed from the intron of its host gene RPS13, which is a ribosomal protein involved in protein biosynthesis. Also, SNORD14 has been shown to be potentially involved in intracellular protein transport and positive regulation of MAPK cascade. Our results suggest that the DE snoRNAs could potentially regulate the host rRNA biogenesis and processing in response to mastitis due to SC. To the best of our knowledge, this is the first study to report dysregulated snoRNA expression and potential involvement in bovine SC subclinical mastitis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».