Characterization and transcript expression analyses of four Atlantic salmon (Salmo salar) serpinh1 paralogues provide evidence of evolutionary divergence
Notice bibliographique
Résumé
Atlantic salmon (Salmo salar) are not only the world's most economically important farmed fish in terms of total value, but also a salmonid, which means that they are invaluable for studies of the evolutionary fate of genes following multiple whole-genome duplication (WGD) events. In this study, four paralogues of the molecular chaperone serpinh1 were characterized in Atlantic salmon, as while this gene is considered to be a sensitive biomarker of heat stress in salmonids, mammalian studies have also identified it as being essential for collagen structural assembly and integrity. The four salmon paralogues were cloned and sequenced so that in silico analyses at the nucleotide and deduced amino acid levels could be performed. In addition, qPCR was used to measure: paralogue- and sex-specific constitutive serpinh1 expression across 17 adult tissues; and their expression in the liver and head kidney of male Atlantic salmon as affected by stress phenotype (high vs. low responder), increased temperature, and injection with a multi-valent vaccine. Compared to the other three paralogues, serpinh1a-2 had a unique constitutive expression profile across the 17 tissues. Although stress phenotype had minimal impact on the transcript expression of the four paralogues, injection with a commercial vaccine containing several formalin inactivated bacterins increased the expression of most paralogues (by 1.1 to 4.5-fold) across both tissues. At 20 °C, the expression levels of serpinh1a-1 and serpinh1a-2 were generally lower (by -1.1- to -1.6-fold), and serpinh1b-1 and serpinh1b-2 were 10.2- to 19.0-fold greater, in comparison to salmon held at 12 °C. With recent studies suggesting a putative link between serpinh1 and upper thermal tolerance in salmonids, the current research is a valuable first step in elucidating the potential mechanisms involved. This research: supports the use of serpinh1b-1 and serpinh1b-2 as a biomarkers of heat stress in salmon; and provides evidence of neo- and/or subfunctionalization between the paralogues, and important insights into how multiple genome duplication events can potentially lead to evolutionary divergence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».