A <i>Sox2</i> Enhancer Cluster Regulates Region-Specific Neural Fates from Mouse Embryonic Stem Cells
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Embryonic development depends on spatially and temporally orchestrated gene regulatory networks. Expressed in neural stem and progenitor cells (NSPCs), the transcription factor sex-determining region Y box 2 (Sox2) is critical for embryogenesis and stem cell maintenance in neural development. Whereas Sox2 is regulated by a distal cluster of enhancers in embryonic stem cells (ESCs), enhancers closer to the gene have been implicated in Sox2 transcriptional regulation in the neural lineage. Using functional genomics data, and deletion analysis we show that a downstream enhancer cluster regulates Sox2 transcription in NSPCs derived from mouse ESCs. By generating allelic mutants using CRISPR-Cas9 mediated deletions, we show that this proximal enhancer cluster, termed Sox2 regulatory regions 2-18 (SRR2-18), is a cis regulator of Sox2 transcription during neural differentiation. Transcriptome analyses demonstrate that loss of even one copy of SRR2-18 disrupts the region-specific identity of NSPCs. Biallelic deletion of this Sox2 neural enhancer cluster causes reduced SOX2 protein, less frequent interaction with transcriptional machinery, and leads to perturbed chromatin accessibility genome-wide further affecting the expression of neurodevelopmental and anterior-posterior regionalization genes. Furthermore, homozygous NSPC deletants exhibit self-renewal defects and impaired differentiation into cell types found in the brain. Altogether, our data define a cis -regulatory enhancer cluster controlling Sox2 transcription in NSPCs and highlight the sensitivity of neural differentiation processes to decreased Sox2 transcription, which influences their differentiation into posterior neural fates, specifically the caudal neural tube.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».