EPCO-09. CHARACTERIZING THE GBM CELLULAR LANDSCAPE BY LARGE-SCALE SINGLE-NUCLEUS RNA-SEQUENCING
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Tumor heterogeneity is a well-known hallmark of glioblastoma (GBM). Single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) technologies significantly extended our understanding of GBM intra-tumor heterogeneity. While the landmark scRNA-seq studies were limited by scale, recent technological advances have enabled analyzing increasing numbers of cells. Here, leveraging a large-scale single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq) dataset containing 457,442 cells (271,444 malignant and 185,995 non-malignant) from 121 IDH-wildtype GBM tumor samples and matching whole-exome/whole-genome sequencing data, we dissected the GBM malignant and tumor microenvironment (TME) compartments with unprecedented resolution and scale. We identified three novel malignant cellular states - Glial progenitor cell-like (GPC-like), Neuron-like and Cilia-like - in addition to the cellular states previously defined in GBM (NPC-like, OPC-like, AC-like and MES-like). Cross-referencing our dataset with published scRNA-seq datasets suggests that GBM states mirror the developmental hierarchy observed in the developing human brain. Functional enrichment analysis demonstrated the heterogeneous nature of pathway and metabolic activities across the spectrum of cellular states. Analysis of the matched DNA-sequencing data revealed novel associations between the occurrence of certain genetic events and the abundance of specific cellular states. Similarly, we dissected the TME and robustly defined cellular states for different TME cell types, underscoring the heterogeneity found also within the TME compartment. Leveraging the large number of samples in our dataset and controlling for intra-tumor cell state frequency exposed three baseline gene expression programs - neuronal activity, glial development and extra-cellular matrix remodeling - termed State-Controlled Profiles (SCPs), that reflect the inter-tumor heterogeneity and are not influenced by the intra-tumor cell state distribution. Integrated analysis of the intra- and inter-tumor heterogeneity components revealed striking associations between certain TME cell types and states, malignant cell states and SCPs, suggesting that an interplay between the TME and malignant cells shapes the frequency of malignant states and baseline expression profile in each tumor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».