EPCO-51. FUNCTIONAL ANALYSIS OF REGULATORY MUTATIONS IN PEDIATRIC BRAIN TUMORS
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pediatric brain tumors are the primary cause of cancer related mortality in children and are characterized by low mutations burden. The known somatic drivers reside in the coding regions of the genome. The role of non-coding mutations in brain tumors is important yet underexplored. In this study we investigate the impact of regulatory region mutations in pediatric brain tumors. We studied 1.3 million open chromatin regions (OCRs) genome-wide from 9 studies including developing/adult brain, and cancer. Within these OCRs we identified recurring mutations in whole genome sequences from 1003 pediatric brain tumors from CBTN and PCAWG cohorts. A total of 567 OCRs with significantly recurring mutations were found, showing enrichment in brain-specific enhancers and in repressed polycomb regions in stem cells. The mutations in these OCRs resulted in motif disruption or creation of 217 transcription factor binding sites. Differential expression analysis of mutated vs nonmutated samples identified perturbations of gene or protein expression in 67 (RNA) and 16 (protein) OCR-gene pairs. Furthermore, 17 mutated OCRs were found to correlate with alterations in gene expression programs, indicating a potential regulatory role affecting multiple downstream genes. We further performed network analysis to explore clusters of OCR associated genes that share biological networks and pathways, and identified 24 clusters. Among these, OCR mutation-associated genes in 6 clusters showed a survival impact in patients. These 6 clusters mapped to pathways including mRNA decay and degradation, longevity regulating pathway, autophagy, p53 pathway, HIF2-alpha transcription factor network, pathways in cancer among others. In summary, we report functionally important regulatory elements in the genome that impact the biological processes in pediatric brain tumors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».