TMIC-31. MULTI-PLATFORM GENOMIC LANDSCAPE OF INTRA-TUMORAL HYPOXIA IN GLIOBLASTOMA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Hypoxia is a prominent characteristic of aggressive tumors, including glioblastoma (GB), and is linked to therapy resistance. Understanding the molecular mechanisms underlying hypoxia-induced changes in neoplastic and non-neoplastic cells is crucial for developing targeted therapies. In this study, we took a comprehensive approach to investigate the genomic, epigenomic, and spatial transcriptomic profiles of intra-tumoral hypoxia in GB at bulk and single-cell levels. Our objectives were to identify a GB-specific hypoxia gene signature and uncover novel mechanisms of GB's response to hypoxia. Pimonidazole (PIMO), a hypoxia marker, was administered to 77 GB patients. We utilized immune-guided laser microdissection to extract DNA and perform methylome profiling of PIMO+ (hypoxic) and PIMO- regions. Visium 10X spatial transcriptomics was employed to identify differentially expressed genes in PIMO+ tumor regions. Through single-nuclear multi-omics profiling, we examined gene expression and chromatin accessibility of the hypoxic neoplastic and non-neoplastic cells at the single-cell level. The hypoxia transcriptome in GB exhibited general commonalities, in addition to unique features, compared to other reported hypoxia signatures. Some of these alterations were accompanied by changes at the DNA methylome level. Importantly, we found a heterogenous molecular landscape across PIMO+ regions within each sample. While a general transition to a MES-like state was observed, we found a mixture of cell states across the different PIMO+ regions. We also found distinct sub-hypoxic microenvironments harboring unique immune cell populations that overlapped with specific cell type states, cell cycle states, and deregulation of specific cellular pathways. These sub-regions were associated with specific anatomic features and displayed prognostic utility in GBM patient cohorts. Our single-cell multi-omics analysis further revealed intra-tumoral copy number aberrations and changes in chromatin accessibility associated with hypoxic cells. Our findings demonstrate that the hypoxic microenvironment in GB is heterogenous with unique targetable features that could lead to novel treatment modalities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».