BIOM-26. RAPID IDENTIFICATION OF <i>IDH1</i>-R132 VARIANTS IN GLIOMA WITH LOCKED NUCLEIC ACID LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION (LNA-LAMP)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Point mutations that impact the catalytic site of isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) are associated with an extended overall survival of approximately 3.8 years for glioma patients compared to 1 year for those with wild-type IDH1. The difference in survival benefit is associated with the maximal surgical resection of IDH1 mutant tumors, making intraoperative knowledge of the mutational status valuable. Unfortunately, current methods used to determine IDH1-R132 mutational status are incompatible with obtaining real-time results. We have developed a panel of assays that use LNA-LAMP to identify commonly encountered IDH1-R132 variants (R132H, R132C, R132G, R132S, R132L) within 40 minutes. These assays require little preanalytical processing, no complex equipment, and yield results which are easily interpreted by the naked eye. Tumor samples are initially subjected to a 5-minute alkaline digest, then added directly to LNA-LAMP reactions containing primers unique to each IDH1-R132 variant. Discrimination between the wild-type and mutant allele is achieved with the integration of locked nucleic acids within primers. A reaction with an IDH1-R132R specific primer serves as the sample positive control, as all tumor lysates are expected to contain wild-type IDH1 DNA. Lysates are incubated for 35 minutes in a hot water bath, followed by visual interpretation using a pH-based colorimetric indicator, where samples positive for the mutation appear a vibrant yellow while those lacking the mutation remain pink. This method has been rigorously tested with patient-derived tumor lysates, yielding reproducible and accurate results, and has an analytical sensitivity of about 20% mutant DNA in a background of wild-type DNA. This sensitivity is comparable to that of Sanger Sequencing while simultaneously offering a more cost-effective and efficient workflow. LNA-LAMP is amenable for use in the intraoperative window to allow patients with an IDH1-R132 mutation the benefit of a maximal surgical resection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».