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Enregistrement W4388698142 · doi:10.1128/spectrum.02731-23

Acidic pH modulates <i>Burkholderia cenocepacia</i> antimicrobial susceptibility in the cystic fibrosis nutritional environment

2023· article· en· W4388698142 sur OpenAlexafffund
L. Daniela Morales, Yossef Av‐Gay, M.E.P. Murphy

Notice bibliographique

RevueMicrobiology Spectrum · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueLegume Nitrogen Fixing Symbiosis
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCystic Fibrosis Canada
Mots-clésBurkholderia cenocepaciaCystic fibrosisBurkholderia cepacia complexAntimicrobialMicrobiologyBurkholderiaBiologyMedicineBacteriaGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Burkholderia cenocepacia is an opportunistic pathogen correlated with increased disease severity and mortality in cystic fibrosis (CF) patients. One major difficulty when treating these infections in CF is the poor relationship between in vitro susceptibility and clinical outcome. Previous analysis of CF sputum samples showed elevated levels of zinc and iron ions and an acidic pH (2.9–6.5) compared to healthy individuals. Additionally, B. cenocepacia grows at an acidic pH (~3.5) in vitro and persists for 24 h in the intracellular acid compartments of amoebas and macrophages. We seek to understand the impact of acidic pH and increased zinc and iron concentrations on antibiotic susceptibility in the CF nutritional environment. The Synthetic Cystic Fibrosis sputum Media (SCFM) was modified to represent the acidic pH and increased zinc and iron concentrations found in CF sputum (SCFM-FeZn). We found that the nutritional environment modulated B. cenocepacia susceptibility to antimicrobials, and more strikingly, acidic pH decreased susceptibility to most antimicrobials used clinically to treat these infections. Finally, we assessed susceptibility against a custom compound library of antimicrobials using SCFM-FeZn agar plates. Out of 591 antibiotics, only 18 were active against B. cenocepacia at both neutral and acidic pH. Four of these compounds (novobiocin, coumermycin, mitomycin C, and streptonigrin) were selected for susceptibility assays in liquid culture. Here, we show that acidic pH modulates antimicrobial susceptibility in the CF nutritional environment and that susceptibility testing in media that mimic the host nutritional environment could pave the way to finding new therapies against infections in CF. IMPORTANCE Burkholderia cenocepacia causes severe infections in cystic fibrosis (CF) patients. CF patients are prone to reoccurring infections due to the accumulation of mucus in their lungs, where bacteria can adhere and grow. Some of the antibiotics that inhibit B. cenocepacia in the laboratory are not effective for CF patients. A major contributor to poor clinical outcomes is that antibiotic testing in laboratories occurs under conditions that are different from those of sputum. CF sputum may be acidic and have increased concentrations of iron and zinc. Here, we used a medium that mimics CF sputum and found that acidic pH decreased the activity of many of the antibiotics used against B. cenocepacia . In addition, we assessed susceptibility to more than 500 antibiotics and found four active compounds against B. cenocepacia . Our findings give a better understanding of the lack of a relationship between susceptibility testing and the clinical outcome when treating B. cenocepacia infections.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,276
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,196
Écart entre enseignants0,185 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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