Oceanimonas pelagia sp. nov., a novel biosurfactant producing and plastic-degrading potential bacterium isolated from marine coastal sediment
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A marine bacterial strain, designated as NTOU-MSR1T, was isolated from the marine sediment of Taiwan's northern coast. This bacterium is Gram-stain-negative, aerobic, and motile. It possesses a single flagellum, and its cells are rod-shaped, with an approximate width of 0.5-0.6 µm and a length of 1.8-2.0 μm. Growth is observed at 10-45℃ with an optimum at 30℃. The pH range for growth is 7.0-10.0, with optimal growth at pH 7.0-8.0. The cells can grow with a concentration of NaCl up to 12%. In the cell membrane, the predominant fatty acids are C16:1ω7c, C18:1ω7c, and C16:0. The overall genome relatedness indices indicate that strain NTOU-MSR1T has an average nucleotide identity (ANI) of 87.88% and a digital DNA-DNA hybridization (dDDH) value of 35.40% with its closest related species, O. marisflavi 102-Na3ᵀ, both values failing below the 95% and 70% species threshold. This indicates that strain NTOU-MSR1T is a novel member belonging to the Oceanimonas genus. The genomic DNA G+C content is 61.0 mol%. Genomic analysis uncovers the presence of genes associated with the catechol branch of β- ketoadipate pathway for polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) degradation, heavy metal resistance, production of poly(hydroxybutyrate)(PHB). In addition, strain NTOU-MSR1T has been found to possess the ability to synthesize biosurfactants and have a potential ability of plastic degradation. A proposed name, Oceanimonas pelagia, was assigned to this novel species, and the type strain of this bacterium was designated as NTOU-MSR1T (=BCRC 81403ᵀ=JCM 36023ᵀ).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».