Refining the taxonomy of the order <i>Hyphomicrobiales</i> ( <i>Rhizobiales</i> ) based on whole genome comparisons of over 130 genus type strains
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The alphaproteobacterial order Hyphomicrobiales consists of 38 families comprising 155 validly published genera as of June 2023. The order Hyphomicrobiales was first described in 1957 and underwent important revisions in 2020. However, several inconsistencies in the taxonomy of this order remain, and there is a need for a consistent framework for defining families within the order. We propose a common genome-based framework for defining families within the order Hyphomicrobiales , suggesting that families represent monophyletic groups in core-genome phylogenies that share pairwise average amino acid identity values above ∼75% when calculated from a core set of 59 proteins. Applying this framework, we propose the formation of four new families and to reassign the genera Salaquimonas , Rhodoblastus , and Rhodoligotrophos into Salaquimonadaceae fam. nov., Rhodoblastaceae fam. nov., and Rhodoligotrophaceae fam. nov., respectively, and the genera Albibacter , Chenggangzhangella , Hansschlegelia , and Methylopila into Methylopilaceae fam. nov.. We further propose to unify the families Bartonellaceae , Brucellaceae , Phyllobacteriaceae , and Notoacmeibacteraceae as Bartonellaceae ; the families Segnochrobactraceae and Pseudoxanthobacteraceae as Segnochrobactraceae ; the families Lichenihabitantaceae and Lichenibacteriaceae as Lichenihabitantaceae ; and the families Breoghaniaceae and Stappiaceae as Stappiaceae . Lastly, we propose to reassign several genera to existing families. Specifically, we propose to reassign the genus Pseudohoeflea to the family Rhizobiaceae ; the genera Oricola , Roseitalea , and Oceaniradius to the family Ahrensiaceae ; the genus Limoniibacter to the emended family Bartonellaceae ; the genus Faunimonas to the family Afifellaceae ; and the genus Pseudochelatococcus to the family Chelatococcaceae . Our data also support the recent proposal to reassign the genus Prosthecomicrobium to the family Kaistiaceae .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».