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Enregistrement W4388762156 · doi:10.1038/s41467-023-43062-z

Mutation of key signaling regulators of cerebrovascular development in vein of Galen malformations

2023· article· en· W4388762156 sur OpenAlexaff
Shujuan Zhao, Kedous Y. Mekbib, Martijn A. van der Ent, Garrett Allington, Andrew Prendergast, Jocelyn E. Chau, Hannah Smith, John Shohfi, Jack Ocken, Daniel Durán, Charuta G. Furey, Le Hao, Phan Q. Duy, Benjamin C. Reeves, Junhui Zhang, Carol Nelson‐Williams, Di Chen, Boyang Li, Timothy Nottoli, Suxia Bai, Myron Rolle, Xue Zeng, Weilai Dong, Po-Ying Fu, Yung-Chun Wang, Shrikant Mane, Paulina Piwowarczyk, Katie Fehnel, Alfred P. See, Bermans J. Iskandar, B. Aagaard-Kienitz, Quentin J. Moyer, Evan Dennis, Emre Kiziltug, Adam J. Kundishora, Tyrone DeSpenza, Ana B.W. Greenberg, Seblewengel M. Kidanemariam, Andrew T. Hale, James M. Johnston, Eric M. Jackson, Phillip B. Storm, Shih‐Shan Lang, William E. Butler, Bob S. Carter, Paul H. Chapman, Christopher J. Stapleton, Aman B. Patel, Georges Rodesch, Stanislas Smajda, Alejandro Berenstein, Tanyeri Barak, E. Zeynep Erson‐Omay, Hongyu Zhao, Andrés Moreno-De-Luca, Mark R. Proctor, Edward R. Smith, Darren B. Orbach, Seth L. Alper, Stefania Nicoli, Titus J. Boggon, Richard P. Lifton, Murat Günel, Philip D. King, Sheng Chih Jin, Kristopher T. Kahle

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueVascular Malformations Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of General Medical SciencesNational Human Genome Research InstituteGeorgia Clinical and Translational Science AllianceNational Heart, Lung, and Blood InstituteRudi Schulte Research InstituteChildren's Discovery InstituteNational Institutes of HealthYale UniversityMarch of Dimes Foundation
Mots-clésMissense mutationProbandBiologyExome sequencingAngiogenesisGeneticsPathogenesisExomeCancer researchEphrinSignal transductionGeneMutationImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract To elucidate the pathogenesis of vein of Galen malformations (VOGMs), the most common and most severe of congenital brain arteriovenous malformations, we performed an integrated analysis of 310 VOGM proband-family exomes and 336,326 human cerebrovasculature single-cell transcriptomes. We found the Ras suppressor p120 RasGAP (RASA1) harbored a genome-wide significant burden of loss-of-function de novo variants (2042.5-fold, p = 4.79 x 10−7). Rare, damaging transmitted variants were enriched in Ephrin receptor-B4 (EPHB4) (17.5-fold, p = 1.22 x 10−5), which cooperates with p120 RasGAP to regulate vascular development. Additional probands had damaging variants in ACVRL1, NOTCH1, ITGB1, and PTPN11. ACVRL1 variants were also identified in a multi-generational VOGM pedigree. Integrative genomic analysis defined developing endothelial cells as a likely spatio-temporal locus of VOGM pathophysiology. Mice expressing a VOGM-specific EPHB4 kinase-domain missense variant (Phe867Leu) exhibited disrupted developmental angiogenesis and impaired hierarchical development of arterial-capillary-venous networks, but only in the presence of a “second-hit” allele. These results illuminate human arterio-venous development and VOGM pathobiology and have implications for patients and their families.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,301
Écart entre enseignants0,277 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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