Analysis of the interplay between MeCP2 and histone H1 during <i>in vitro</i> differentiation of human ReNCell neural progenitor cells
Notice bibliographique
Résumé
An immortalized neural cell line derived from the human ventral mesencephalon, called ReNCell, and its MeCP2 knock out were used. With it, we characterized the chromatin compositional transitions undergone during differentiation, with special emphasis on linker histones. While the WT cells displayed the development of dendrites and axons the KO cells did not, despite undergoing differentiation as monitored by NeuN. ReNCell expressed minimal amounts of histone H1.0 and their linker histone complement consisted mainly of histone H1.2, H1.4 and H1.5. The overall level of histone H1 exhibited a trend to increase during the differentiation of MeCP2 KO cells. The phosphorylation levels of histone H1 proteins decreased dramatically during ReNCell’s cell differentiation independently of the presence of MeCP2. Immunofluorescence analysis showed that MeCP2 exhibits an extensive co-localization with linker histones. Interestingly, the average size of the nucleus decreased during differentiation but in the MeCP2 KO cells, the smaller size of the nuclei at the start of differentiation increased by almost 40% after differentiation by 8 days (8 DIV). In summary, our data provide a compelling perspective on the dynamic changes of H1 histones during neural differentiation, coupled with the intricate interplay between H1 variants and MeCP2.Abbreviations: ACN, acetonitrile; A230, absorbance at 230 nm; bFGF, basic fibroblast growth factor; CM, chicken erythrocyte histone marker; CNS, central nervous system; CRISPR, clustered regulated interspaced short palindromic repeatsDAPI, 4,’6-diaminidino-2-phenylindole; DIV, days in vitro (days after differentiation is induced); DMEM, Dulbecco’s modified Eagle medium; EGF, epidermal growth factor; ESC, embryonic stem cell; GAPDH, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase; GFAP, glial fibrillary acidic proteinHPLC, high-performance liquid chromatography; IF, immunofluorescence; iPSCs, induced pluripotent stem cells; MAP2, microtubule-associated protein 2; MBD, methyl-binding domain; MeCP2, methyl-CpG binding protein 2; MS, mass spectrometry; NCP, nucleosome core particle; NeuN, neuron nuclear antigen; NPC, neural progenitor cellPAGE, polyacrylamide gel electrophoresis; PBS, phosphate buffered saline; PFA, paraformaldehyde; PTM, posttranslational modification; RP-HPLC, reversed phase HPLC; ReNCells, ReNCells VM; RPLP0, ribosomal protein lateral stalk subunit P0; RT-qPCR, reverse transcription quantitative polymerase-chain reaction; RTT, Rett Syndrome; SDS, sodium dodecyl sulphate; TAD, topologically associating domain; Triple KO, triple knockout.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».