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Enregistrement W4388806341 · doi:10.1016/j.media.2023.103041

WarpDrive: Improving spatial normalization using manual refinements

2023· article· en· W4388806341 sur OpenAlexafffund
Simón Oxenford, Ana Sofía Ríos, Barbara Hollunder, Clemens Neudorfer, Alexandre Boutet, Gavin J.B. Elias, Jürgen Germann, Aaron Loh, Wissam Deeb, Bryan Salvato, Leonardo Almeida, Kelly D. Foote, Robert Amaral, Paul B. Rosenberg, David F. Tang‐Wai, David A. Wolk, Anna Burke, Marwan N. Sabbagh, Stephen Salloway, M. Mallar Chakravarty, Gwenn S. Smith, Constantine G. Lyketsos, Michael S. Okun, William S. Anderson, Zoltán Mari, Francisco A. Ponce, Andrés M. Lozano, Wolf‐Julian Neumann, Bassam Al‐Fatly, Andreas Horn

Notice bibliographique

RevueMedical Image Analysis · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Neuroimaging Techniques and Applications
Établissements canadiensMcGill University Health CentreToronto Rehabilitation InstituteMcGill UniversityDouglas Mental Health University InstituteKrembil FoundationUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthGenentechNational Institute of Neurological Disorders and StrokeIXICOH. Lundbeck A/SEisaiDeutsche ForschungsgemeinschaftServierEU Joint Programme – Neurodegenerative Disease ResearchNorthern California Institute for Research and EducationNational Institute of Mental HealthBioClinicaBiogenPfizerNovartis Pharmaceuticals CorporationUniversity of Southern CaliforniaU.S. Department of DefenseEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeMeso Scale DiagnosticsNational Institute on AgingAlzheimer's Association
Mots-clésComputer scienceArtificial intelligenceSpatial normalizationNormalization (sociology)InferenceModalitiesPattern recognition (psychology)NeuroimagingProcess (computing)Computer visionMachine learningNeurosciencePsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Spatial normalization-the process of mapping subject brain images to an average template brain-has evolved over the last 20+ years into a reliable method that facilitates the comparison of brain imaging results across patients, centers & modalities. While overall successful, sometimes, this automatic process yields suboptimal results, especially when dealing with brains with extensive neurodegeneration and atrophy patterns, or when high accuracy in specific regions is needed. Here we introduce WarpDrive, a novel tool for manual refinements of image alignment after automated registration. We show that the tool applied in a cohort of patients with Alzheimer's disease who underwent deep brain stimulation surgery helps create more accurate representations of the data as well as meaningful models to explain patient outcomes. The tool is built to handle any type of 3D imaging data, also allowing refinements in high-resolution imaging, including histology and multiple modalities to precisely aggregate multiple data sources together.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,034
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,035

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,034
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0040,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0030,004
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0100,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,059
Tête enseignante GPT0,421
Écart entre enseignants0,362 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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