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Enregistrement W4388833424 · doi:10.1038/s41467-023-42680-x

Evaluation of the US COVID-19 Scenario Modeling Hub for informing pandemic response under uncertainty

2023· article· en· W4388833424 sur OpenAlexaff
Emily Howerton, Lucie Contamin, Luke C. Mullany, Michelle Qin, Nicholas G Reich, Samantha J. Bents, Rebecca K. Borchering, Sung-mok Jung, Sara L. Loo, Claire P. Smith, John Levander, Jessica Kerr, Jeremy U. Espino, Willem G. van Panhuis, Harry Hochheiser, Marta Galanti, Teresa K. Yamana, Sen Pei, Jeffrey Shaman, Kaitlin Rainwater‐Lovett, Matt Kinsey, Kate Tallaksen, Shelby Wilson, Lauren Shin, Joseph C. Lemaitre, Joshua Kaminsky, Juan Dent, Elizabeth C. Lee, Clifton McKee, Alison L. Hill, D. Karlen, Matteo Chinazzi, Jessica T. Davis, Kunpeng Mu, Xinyue Xiong, Ana Pastore y Piontti, Alessandro Vespignani, Erik Rosenstrom, Julie S. Ivy, María E. Mayorga, Julie Swann, Guido España, Sean Cavany, Sean M. Moore, T. Alex Perkins, Thomas J. Hladish, Alexander N. Pillai, Kok Ben Toh, Ira M. Longini, Shi Chen, Rajib Paul, Daniel Janies, Jean‐Claude Thill, Anass Bouchnita, Kaiming Bi, Michael Lachmann, Spencer J. Fox, Lauren Ancel Meyers, Ajitesh Srivastava, Przemyslaw Porebski, Srini Venkatramanan, Aniruddha Adiga, Bryan Lewis, Brian Klahn, Joseph Outten, Benjamin Hurt, Jiangzhuo Chen, Henning Mortveit, Amanda Wilson, Madhav Marathe, Stefan Hoops, Parantapa Bhattacharya, Dustin Machi, Betsy L. Cadwell, Jessica M. Healy, Rachel B. Slayton, Michael A. Johansson, Matthew Biggerstaff, Shaun Truelove, Michael C. Runge, Katriona Shea, Cécile Viboud, Justin Lessler

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueCOVID-19 epidemiological studies
Établissements canadiensUniversity of Victoria
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of General Medical SciencesDefense Threat Reduction AgencyCenters for Disease Control and PreventionCouncil of State and Territorial EpidemiologistsJohns Hopkins UniversityU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungVirginia Department of HealthNational Science FoundationCalifornia Department of Public HealthU.S. Department of Homeland SecurityNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesAmazon Web Services
Mots-clésCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Pandemic2019-20 coronavirus outbreakSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Coronavirus InfectionsBetacoronavirusComputer scienceVirologyData scienceMedicineOutbreakInfectious disease (medical specialty)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Our ability to forecast epidemics far into the future is constrained by the many complexities of disease systems. Realistic longer-term projections may, however, be possible under well-defined scenarios that specify the future state of critical epidemic drivers. Since December 2020, the U.S. COVID-19 Scenario Modeling Hub (SMH) has convened multiple modeling teams to make months ahead projections of SARS-CoV-2 burden, totaling nearly 1.8 million national and state-level projections. Here, we find SMH performance varied widely as a function of both scenario validity and model calibration. We show scenarios remained close to reality for 22 weeks on average before the arrival of unanticipated SARS-CoV-2 variants invalidated key assumptions. An ensemble of participating models that preserved variation between models (using the linear opinion pool method) was consistently more reliable than any single model in periods of valid scenario assumptions, while projection interval coverage was near target levels. SMH projections were used to guide pandemic response, illustrating the value of collaborative hubs for longer-term scenario projections.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,014
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,120
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,177
Score d'incertitude au seuil0,887

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0140,120
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,584
Tête enseignante GPT0,546
Écart entre enseignants0,037 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations59
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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