GAS2 encodes a 2-oxoglutarate dependent dioxygenase involved in ABA catabolism
Notice bibliographique
Résumé
Liu et al. 1 recently reported the characterisation of Arabidopsis thaliana GAS2 (Gain of Function in ABA-modulated Seed Germination 2), which was described as an enzyme catalysing the stereospecific hydration of GA 12 to produce GA 12 16, 17-dihydro-16α-ol (DHGA 12 ). A second paper describes the conversion of GA 12 to an unidentified product by GAS2 and reports that this enzyme does not convert ABA 2 . As previously reported 3 , we did not find any conversion of [17- 14 C]-labelled or [1-,7-,12-,18- 14 C 4 ]-labelled GA 12 by GAS2. Instead, we present here data showing that the recombinant GAS2 enzyme catabolizes abscisic acid (ABA) to phaseic acid (PA) and further to a second product, putative 8’-carboxy-ABA (compound A; Fig. 1a ). Fig. 1: GAS2 is an ABA catabolising oxidase. a The proposed ABA catabolic pathway catalysed by GAS2. b Metabolism of 3’,5’,5’,7’,7’,7’- d 6 -ABA incubated with 70 µL cell lysate containing recombinant ATGA20ox1 and cofactors (negative control, top lane). Metabolism of d 6 -ABA incubated with indicated volumes of cell lysates containing recombinant GAS2 and cofactors as described in Methods. Chromatograms of characteristic single ions are shown in the first row for ABA (extracted ion m/z 194.2), in the middle row for PA ( m/z 125.2), and in the right row for compound A ( m/z 194.2). Compounds that were identified on the basis of their full scan mass spectra of the methyl ester derivatives are shown in red. Similar results were obtained with two recombinant GAS2 preparations, produced from independent isolated E.coli clones, each were incubated at seven different lysate concentrations. Full size image
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».