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Enregistrement W4388924298 · doi:10.1016/j.biortech.2023.130084

Functional screening pipeline to uncover laccase-like multicopper oxidase enzymes that transform industrial lignins

2023· article· en· W4388924298 sur OpenAlexafffund
Anupama Achal Sharan, Annie Bellemare, Marcos R. DiFalco, Adrian Tsang, Thu V. Vuong, Elizabeth A. Edwards, Emma R. Master

Notice bibliographique

RevueBioresource Technology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueEnzyme-mediated dye degradation
Établissements canadiensConcordia UniversityUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversity of TorontoConcordia UniversityGenome Canada
Mots-clésLaccaseLigninMulticopper oxidaseEnzymeChemistryBiochemistryOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Laccase-like multicopper oxidases are recognized for their potential to alter the reactivity of lignins for application in value-added products. Typically, model compounds are employed to discover such enzymes; however, they do not represent the complexity of industrial lignin substrates. In this work, a screening pipeline was developed to test enzymes simultaneously on model compounds and industrial lignins. A total of 12 lignin-active fungal multicopper oxidases were discovered, including 9 enzymes active under alkaline conditions (pH 11.0). Principal component analysis revealed the poor ability of model compounds to predict enzyme performance on industrial lignins. Additionally, sequence similarity analyses grouped these enzymes with Auxiliary Activity-1 sub-families with few previously characterized members, underscoring their taxonomic novelty. Correlation between the lignin-activity of these enzymes and their taxonomic origin, however, was not observed. These are critical insights to bridge the gap between enzyme discovery and application for industrial lignin valorization.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,518
Score d'incertitude au seuil0,871

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,061
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,174 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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