PathDIP 5: improving coverage and making enrichment analysis more biologically meaningful
Notice bibliographique
Résumé
Pathway Data Integration Portal (PathDIP) is an integrated pathway database that was developed to increase functional gene annotation coverage and reduce bias in pathway enrichment analysis. PathDIP 5 provides multiple improvements to enable more interpretable analysis: users can perform enrichment analysis using all sources, separate sources or by combining specific pathway subsets; they can select the types of sources to use or the types of pathways for the analysis, reducing the number of resulting generic pathways or pathways not related to users' research question; users can use API. All pathways have been mapped to seven representative types. The results of pathway enrichment can be summarized through knowledge-based pathway consolidation. All curated pathways were mapped to 53 pathway ontology-based categories. In addition to genes, pathDIP 5 now includes metabolites. We updated existing databases, included two new sources, PathBank and MetabolicAtlas, and removed outdated databases. We enable users to analyse their results using Drugst.One, where a drug-gene network is created using only the user's genes in a specific pathway. Interpreting the results of any analysis is now improved by multiple charts on all the results pages. PathDIP 5 is freely available at https://ophid.utoronto.ca/pathDIP.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,036 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».