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Enregistrement W4388961674 · doi:10.1101/2023.11.23.568429

Unveiling the Impact of Arsenic Toxicity on Immune Cells in Atherosclerotic Plaques: Insights from Single-Cell Multi-Omics Profiling

2023· preprint· en· W4388961674 sur OpenAlexafffund
Kiran Makhani, Xiuhui Yang, France Dierick, Nivetha Subramaniam, Natascha Gagnon, Talin Ebrahimian, Hao Wu, Jun Ding, Koren K. Mann

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensChristie (Canada)McGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchFonds de Recherche du Québec - SantéShandong UniversityNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Natural Science Foundation of ChinaHeart and Stroke Foundation of Canada
Mots-clésEpigenomeTranscriptomeImmune systemBiologyArsenicCellEpigeneticsCell biologyGene expression profilingArsenic toxicityImmunologyApolipoprotein EGeneticsGene expressionChemistryGeneMedicinePathologyDiseaseDNA methylation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Millions worldwide are exposed to elevated levels of arsenic. This significantly increases their risk of developing atherosclerosis, a pathology primarily driven by immune cells. While the impact of arsenic on immune cell populations in atherosclerotic plaques has been broadly characterized, cellular heterogeneity is a substantial barrier to in-depth examinations of the cellular dynamics for varying immune cell populations. Here, we present one of the first single-cell multi-omics profiling of atherosclerotic plaques in apolipoprotein E knockout (apoE -/- ) mice to understand the transcriptomic and epigenetic changes in various immune cells induced by arsenic. Our data reveal that arsenic alters the transcriptional profile of macrophages in a subtype-specific manner with implicated shifts in cell-cell interaction and cell fate predictions. Additionally, our data suggest that arsenic-mediated changes in chromosome accessibility are more profound than their effects on the transcriptome, hence revealing markers of arsenic exposure and potential targets of interventions. Teaser Arsenic changes gene expression and epigenome primarily of macrophages in atherosclerotic plaque, suggesting intervention targets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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