Structural Changes in the Nickel‐Responsive Regulator NikR from <i>Helicobacter pylori</i>
Notice bibliographique
Résumé
Helicobacter pylori is a pathogenic bacterium estimated to infect 50% of the global population and causes peptic ulcers, gastritis, and gastric cancer. H. pylori is able to survive the fluctuating pH levels of the stomach mainly due to expression of two enzymes – urease and [NiFe]‐hydrogenase – that require nickel as an essential cofactor. Therefore, regulation of nickel concentration is crucial in order to avoid toxicity while maintaining an adequate supply. This is achieved by the nickel‐responsive transcription factor NikR (HpNikR), which maintains intracellular nickel homeostasis through binding the promoters of various genes, including those encoding nickel storage and import factors, and activating or repressing their transcription. HpNikR also plays a role in acid acclimation and there is evidence that its DNA‐binding activity can be modulated by changes in pH. It is therefore likely that there are promoter specific conformations exhibited by HpNikR that are sensitive to both nickel concentration and pH. However, the mechanisms by which nickel and pH activate DNA binding remain unclear. In this work, a series of mutants at key secondary structural elements were created as targets for labeling with a 19 F probe and 19 F‐NMR was used to uncover how nickel and pH influence the HpNikR conformational changes required for binding to different promoters. Support or Funding Information This work was supported in part by funding from the Canadian Institutes of Health Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».