Chromatin Remodeler EP400 Deposits H3.3 into Promoters and Enhancers During Gene Activation
Notice bibliographique
Résumé
Increasing evidence indicates that gene activation in metazoans is accompanied by deposition of the histone variants H2AZ and H3.3 into promoters and enhancers. The abundance of double variant nucleosomes correlates well with the levels of gene expression. However, knowledge is limited for how variant chromatin is assembled in regulatory regions and, more importantly, whether it plays a direct role in gene activation. To unravel the mechanism, we have recreated activator‐ and HAT‐stimulated transcription from H3.3/H2AZ variant chromatin in HeLa nuclear extracts. We further employed Immobilized template assays to identify variant chromatin specific chromatin proteins. Analysis of preinitiation complex (PIC) revealed that the chromatin remodeling factor EP400 was specifically enriched on variant versus canonical chromatin. In a cell based assay, EP400 was recruited to an integrated inducible promoter in U2OS cells in response to gene activation. Moreover, siRNA knockdown of EP400 led to diminished transcription and reduced assembly of H3.3‐containing chromatin, while having little or no effect on binding of the Mediator co‐activator. Remarkably, this observation was paralleled genome‐wide at promoters and enhancers, where knockdown of EP400 significantly affected H3.3 deposition, but not Mediator recruitment. We investigated the mechanism by in vitro histone exchange assay. EP400 is known to exchange H2AZ for H2A but in biochemical histone exchange assays, it also inserted H3.3 for H3.1 in a nucleosome dependent manner. Interestingly, a side‐by‐side comparison of histone exchange assay indicates that reverse exchange, i.e. exchange of canonical histone into variant chromatin is much less efficient. However, H3.3 exchange into variant chromatin is highly efficient. We reason that this dynamic exchange of H3.3 with H3.3 may play a role in enhaced transcription. What confers this specificity remains an open question. To this end we are currently exploring the contribution of Brd8, a bromodomain containing protein that resides in the same complex and happens to interact directly with EP400. Indeed, we have preliminary evidence from modified histone peptide array experiments that suggest that Brd8‐EP400 duo is significantly enriched in H3K18ac and H3K27ac histone marks. This raises further likelihood of collaboration between EP300 and EP400 in the context of gene activation. Our data support a model in which EP400 links variant chromatin assembly directly to gene activation but downstream of PIC assembly in a pathway parallel to pre‐initiation complex assembly but necessary for transcription on chromatin. Support or Funding Information L.Y. is supported by the Ruth L. Kirschstein National Research Service Award GM007185
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».