Cellular O‐Glycome Reporter/Amplification (CORA) to Explore O‐Glycans of Living Cells
Notice bibliographique
Résumé
O‐glycosylation is present on over 80% of proteins that traverse the secretory apparatus and plays key roles in many biological processes. However, the repertoire of O‐glycans synthesized by cells and thus their function are difficult to determine. Current strategies to evaluate O‐glycans from cells utilize chemical release, such as alkaline β‐elimination, prior to analysis by mass spectrometry or other technologies. However, β‐elimination is inefficient, potentially biased, and results in O‐glycan degradation. To address this challenge, we developed a technology to amplify and profile mucin‐type O‐glycans synthesized by living cells, termed Cellular O‐Glycome Reporter/Amplification (CORA). We developed a chemical O‐glycan precursor that when incubated with live cells crosses the plasma membrane, is taken up by the Golgi Apparatus, and is modified by glycosyltransferases in situ , before being secreted from cells as a variety of modified O‐glycan derivatives, allowing easy purification for analysis by HPLC and mass spectrometry (MS). CORA detected O‐glycans observed by β‐elimination as well as many additional complex structures with ~100–1000‐fold increase in sensitivity over conventional O‐glycan analyses. Furthermore, CORA coupled with computational modeling allowed us to predict the diversity of the human O‐glycome. To our knowledge, CORA is the first technology for glycome amplification and thus could offer new opportunities for understanding the role of glycans in health and disease. Support or Funding Information This work was supported by National Institutes of Health Grant U01CA168930 to TJ and RDC, P41GM103694 to RDC, Georgia Cancer Coalition (now Georgia Research Alliance, GRA) Award to TJ, and by Biotechnology and Biological Sciences Research Council grant BB/K016164/1 (AD and SMH for Core Support for Collaborative Research). AD is supported by a Wellcome Trust Senior Investigator Award. We also acknowledge support from the Emory Integrated Proteomics Core.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».