Spatiotemporal Organization Of Signaling: From Plasma Membrane To Chromatin
Notice bibliographique
Résumé
Compartmentalization is essential for all complex forms of life. In eukaryotic cells, membrane‐bound organelles, as well as a multitude of protein‐ and nucleic acid‐rich subcellular structures, maintain boundaries and serve as enrichment zones to promote and regulate protein function. Consistent with the critical importance of these boundaries, alterations in the machinery that mediate protein transport between these compartments has been implicated in a number of diverse diseases. Signaling molecules are no exception, and must be targeted to specific locations for proper activation in time and place. Understanding the composition of each cellular “compartment” (be it a classical organelle or a large protein complex) remains a challenging task. For soluble protein complexes, approaches such as affinity purification other biochemical fractionation coupled to mass spectrometry provides important insight, including on the temporal regulation of signaling, but this is not the case for detergent‐insoluble components. Classically, both microscopy and organellar purifications have been employed for identifying the composition of these structures, but these approaches have limitations, notably in resolution for standard high‐throughput fluorescence microscopy and in the difficulty in purifying some of the structures (e.g. p‐bodies) for approaches based on biochemical isolations. Prompted by the recent implementation in vivo biotinylation approaches such as BioID, we have begun the systematic mapping of the composition of various subcellular structures, using as baits proteins (or protein fragments) which are well‐characterized markers for a specified location. We report here our low‐resolution map of a human cell (currently defined from BioID profiling of 100 marker proteins), including various membrane compartments, cytoskeletal structures and nuclear subdomains. We will also introduce a higher resolution map of RNA‐containing cellular structures, including the p‐bodies and the stress granules that regulate mRNA stability, and new data on signaling pathways that span insoluble compartments. We demonstrate in vivo biotinylation to be a scalable approach capable of revealing protein complexes as well as their association into larger structures. Support or Funding Information Work in the Gingras lab was primarily supported by the Canadian Institutes for Health Research (Foundation grant) and the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (Discovery grant). Additional funding was provided by Genome Canada through Ontario Genomics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».