2468. The Genomic Epidemiology of Carbapenemase-Producing Enterobacterales (CPE) in Ontario, Canada, 2016
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) are among the most urgent of antimicrobial resistance threats. In south-central Ontario, Canada, over one-third of CPE cases are associated with local healthcare and the incidence of such CPE cases is rising steadily. We integrated whole-genome sequencing (WGS) and CPE population-based surveillance data to gain insights into CPE transmission dynamics in Ontario, Canada. Methods We included all incident CPE isolates received at the Public Health Ontario Laboratory as part of a voluntary surveillance program from Jan. 1 to Dec. 31, 2016 in Ontario, Canada (population ∼13.5 million). All isolates underwent Illumina WGS. MLST was determined for all isolates, and single nucleotide variant (SNV) analysis was performed by species. SNV analyses were combined with epidemiological data from the Toronto Invasive Bacterial Diseases Network to identify transmission clusters. Results There were 206 incident CPE isolates from 176 patients. Most common species were Escherichia coli (95, 46%) and Klebsiella pneumoniae (76, 37%), and most common carbapenemases produced were NDM (77, 37%), OXA-48-like (68, 33%), and KPC (45, 22%). There was variability in MLST, with ST167 being most common among E. coli (10, 11%), and ST147 being most common among K. pneumoniae (13, 17%). There were 14 clusters with 34 (17%) CPE isolates belonging to 33 (20%) unique patients total (Table). Cluster size range was 2-5 patients. Time from first to last identified case in clusters ranged from 0 to 258 days. In 8 clusters, the index case likely acquired CPE during prior hospitalization abroad, with subsequent direct or indirect transmission to other patients in the cluster. In 5 clusters, all patients likely acquired CPE at the Ontario hospital where their CPE was detected. Conclusion There was variability in CPE species and MLST as well as carbapenemase produced. Almost one fifth of patients belonged to a transmission cluster, with transmission lasting many months in some clusters. These data highlight challenges with CPE local transmission and a need to intensify control measures. Disclosures All Authors: No reported disclosures
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».