Evolution of the Cytochrome c Oxidase Subunit 4 Paralogs
Notice bibliographique
Résumé
The largest subunit of cytochrome c oxidase exists as two paralogs in most vertebrates: a constitutive COX4‐1 and hypoxia‐inducible COX4‐2. In primates and rodents, COX4‐2 is a hypoxia‐responsive gene encoding a protein with its ATP‐binding site disrupted by a disulfide bridge, precluding COX from the allosteric regulation that is exerted through the this site in COX4‐1. In an effort to understand the evolution of the gene, we examined role of the paralogs in fish. COX4‐2 of fish differs from mammals in three respects. First, the fish COX4‐2 gene does not appear to be hypoxia responsive at either the mRNA or protein level. This was shown in mammalian cells transfected with fish promoter constructs, and hypoxia treatments of cultured fish cells and whole animals. We used fish species from multiple lineages and differing in hypoxia tolerance, exposed to different degrees and durations of low oxygen. Second, the fish COX4‐2 protein lacks the structural features (paired CYS residues) that distinguish COX4‐2 from COX4‐1 in mammals. This pair of CYS residues in COX4‐2 protein appears only in the lineage of vertebrates that encompasses rodents and primates. Third, COX4‐2 expression patterns are quite different in fish. They show higher constitutive expression of COX4‐2 in all tissues, and demonstrate changes in COX4‐2 expression with development. Immunohistochemistry of tissues expressing both COX4 paralogs revealed that some tissues displayed both proteins in most cells, whereas other tissues showed cell‐specific patterns. In heart, individual myocytes expressed both COX4 paralogs, although select non‐myocytes expressed only COX4‐1. The paralog patterns also changed with size/age. Heart was dominated by COX4‐1 mRNA and protein in small fish but transitioned to predominately mRNA and COX4‐2 in large fish. The distinctions in COX4‐2 between mammalian models (rodents, humans) and other vertebrates (other mammalian lineages, reptiles, fish) bring into question the genetic origins of the paralog pair and its functional evolution during vertebrate diversification. Support or Funding Information Supported by NSERC Canada
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».