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Enregistrement W4389074046 · doi:10.1086/728893

Phylogeny of North American <i>Dichanthelium</i> (Panicoideae, Poaceae): Testing Species Limits in One of the Most Taxonomically Complicated Groups of Grasses

2023· article· en· W4389074046 sur OpenAlexaboutno aff
Lucas C. Majure, Robert F. C. Naczi, J. Richard Abbott, Kenneth R. Wood, Janice Valencia-D, Gavin C. Stonehouse, Kurt M. Neubig

Notice bibliographique

RevueInternational Journal of Plant Sciences · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Taxonomy and Phylogenetics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPoaceaeBotanyBiologyLibrary scienceComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Premise of research. Dichanthelium extends from Canada to Argentina and is most species rich in eastern North America. These C3 panicoid grasses, which are mixed mating and flower two or three times per year, displaying different vegetative growth forms over that time, are renowned for their taxonomic complexity. Thus, there are drastically differing taxonomic treatments; however, no well-sampled phylogenetic perspective is yet available to further explore relationships among species or species complexes. Methodology. We developed the first broadly sampled phylogeny of Dichanthelium, covering the entire range of the genus, but with a focus on the species-rich eastern North American distribution. We sampled 72 taxa (290 accessions), including all currently recognized taxa in the recent Flora of North America treatment. Our dataset consisted of the plastid locus rpl32-trnL and the nuclear loci internal transcribed spacer (ITS) and granule-bound starch synthase I (GBSSI) and was analyzed using maximum likelihood. We calibrated our phylogeny to test the divergence time of the North American clade and likewise used ITS data to explore putative hybridization. Pivotal results. South American species of Dichanthelium formed a grade of successive sisters to the North American clade, which we recovered as originating in the late Miocene–early Pliocene. We recovered 27 subclades, most of these representing species complexes or morphologically similar species. Numerous taxa were resolved outside of their putative species groups and are apparently morphologically cryptic species. We show several cases of putative hybridization in eastern North American and Hawaiian species. Conclusions. Our phylogeny provides a foundation for understanding this taxonomically complicated group of grasses, which will need detailed future studies into species complexes to provide greater taxonomic resolution and understanding of biological processes driving the evolution and diversification of the clade. This should include further study of autogamy and its evolutionary consequences in North American taxa. We propose an adjusted taxonomic treatment of specific members of the genus based mostly on our phylogenetic results.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,365
Score d'incertitude au seuil0,263

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,095
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,140 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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